Para elegirlo se realizó un concurso entre todos los estudiantes, donde cada uno propuso un modelo y luego lo expuso ante un jurado. El escudo actual fue elegido y sus simbología representa lo siguiente:

• El margen izquierdo está en rojo y simboliza el amor, el sacrificio. Esto porque el Colegio es vida de sacrificio y austeridad. En este margen aparecen las iniciales del Colegio Mayor Universitario.

• Las letras están ubicadas en forma descendente porque es el primer brazo del Colegio que comienza con la formación de la persona, uno de los objetivos del Colegio.

• Ese campo azul va hacia arriba terminando con una espada como reflejo de la lucha y el esfuerzo; a su vez, esta espada es también una estrella que representa la Virgen de quien el Borda era muy devoto.

• De este modo se cierra la U de “Universitario” que baja por las letras en el rojo, pasa al azul buscando la plenitud y sube hasta la estrella.

“Llevarán mi nombre” es una frase de San Pablo cuando Cristo lo elige y lo convierte en un fervoroso Cristiano (el gran apóstol). Cuando Jesucristo se le aparece en un sueño a un sacerdote para que catequice y bautice a San Pablo, este le pregunta por qué lo había elegido, entonces le responde: “porque San Pablo llevará mi nombre al mundo”. Por eso, el banderín que se le entrega a todos los jóvenes que ingresan al Colegio Mayor Universitario José Manuel Estrada simboliza que deben llevar y transmitir todos los valores del CMU al mundo.